O controle simula uma amostra contendo não só a substância de interesse para a análise em questão mas também outras substâncias normalmente presentes no plasma ou urina. A substância de interesse é encontrada numa faixa de concentração previamente determinada. Deve ser analisado como se fosse uma amostra, recebendo o mesmo tratamento. Garante a confiabilidade da análise, tanto no tratamento prévio quanto na análise cromatográfica. Existem controles normais e patológicos.